Egy számla sztornóját az eredeti bizonylat T/K oldalainak felcserélésével kell könyvelni. Ennek automatikus kezelésére csak a vevő és a szállító naplókban van lehetőség.
A sztornót kézzel is lekönyvelhetjük, azonban van egy sokkal gyorsabb és egyszerűbb lehetőség a sztornózásra:
A naplóba belépve az ellentétére kell állítani a főszámla jellegét (vevőknél Követelre, szállítóknál Tartozikra). Az ellenoldalra átlépve nem szabad megadni az ellenszámlát, vagyis üresen kell hagyni a mezőt. (Abban az esetben, ha használják a kontírozás hozzárendelése szállítóhoz funkciót, akkor az ellen oldalra lépve automatikusan megjelenik egy ellenszámla ezt kérjük törölje és után válassza ki a kapcsolódó bizonylatszámot) Ez jelzi a rendszer számára, hogy sztornót könyvelünk. Ezután álljunk rá a kapcsolódó bizonylat oszlopra, és F10-zel, vagy a lenyíló gomb segítségével válasszuk ki a partner nyitott számlái közül a sztornózandót (igény szerint be is gépelhetjük a bizonylatszámot).
Fontos, hogy részben vagy egészben kiegyenlített bizonylatot nem enged a rendszer automatikusan sztornózni. Ilyen esetben ki le kell könyvelni a visszautalást, vagy a "Könyvelt tételek módosítása" menüpont segítségével ki kell törölni a kapcsolódó bizonylat számát mindegyik kiegyenlítéstől. Így a folyószámlán újra megjelenik az előírás teljes összege, és sztornózhatóvá válik a bizonylat.
A kapcsolódó bizonylat kiválasztása után a program azonnal beemeli az eredeti bizonylat sorait, megcseréli a T/K oldalakat, kiegyenlítésre állítja a folyószámla kezelést, és megjegyzésként beírja, hogy "STORNO".

Ennél a típusú könyvelésnél nem lehet átállítani az ÁFA adatait, és a kiegyenlítendő összeget sem lehet megadni, de az "Érték" mezőn enterezve látszik a bruttó és nettó összeg, valamint az ÁFA kulcsa, értéke és dátuma, ha volt rajta. A kapcsolódó bizonylatot csak egyszer lehet megadni. Ha valamiért más bizonylatot kellene kapcsolni, akkor ki kell törölni az alábontás minden sorát, majd fel kell venni egy új sort. Ekkor már kiválasztható egy másik sztornózandó bizonylat.
Forintos számlát csak forintos, devizásat csak devizás naplóból lehet sztornózni. Devizás bizonylat sztornózásánál az eredeti árfolyamon rögzít a rendszer, így árfolyam differenciát sem számol.